La Ciudad Fuyuki se ha vuelto el escenario de una secreta y violenta guerra de magos. Desde hace ya dos siglos siete magos son escogidos para que entablen una lucha a muerte, en busca de obtener el Santo Grial, un cáliz legendario que concede cualquier deseo. Las últimas cuatro Guerras del Santo Grial han ocurrido cada sesenta años y la última acabó hace apenas una década, pero la quinta comienza prematuramente. Cada mago (o “Master”/"Maestro") puede invocar a un Espíritu Heroico de nombre “Servant”/"Sirviente", que le ayudará a derrotar a los otros para en último término hacerse con el Grial. Shirō, participando junto con Saber, tendrá la oportunidad de poner a prueba sus ideales y de prevenir que un desastre como el de hace diez años vuelva a repetirse.
