Temporada 3

Una calavera se estrella contra el parabrisas de un coche de unos jóvenes, mientras conducían por una autopista. Al examinar el cráneo, Brennan y Cam encuentran marcas de dientes humanos, lo que implica que se cometió un acto de canibalismo contra la víctima.

Cuando una inofensiva mujer es asesinada en su minivan con una bomba, se revelan los secretos de su pasado. Mientras, Brennan lucha para ponerse de acuerdo con su padre.

El equipo investiga el hallazgo de un cuerpo en proceso de descomposición que fue encontrado con las manos atadas y sin pies. Las pistas llevan a la doctora Brennan y al agente Booth hasta un lugar en el que la víctima y otras personas desarrollaban prácticas sadomasoquistas.

Booth y Brennan examinan un cuerpo en estado de descomposición encontrado por unos jóvenes en los jardines de un hospital. El cuerpo pertenece a un hombre llamado Franklin Curtis, fundador de una cadena de supermercados de comida orgánica. Los investigadores descubren que el cuerpo fue incinerado y que, junto a los suyos, había restos de otra persona.

Un laberinto de calabazas de Halloween se vuelve mucho más tenebroso cuando se descubren los restos momificados de una niña que murió hace un año. Aparece un segundo cuerpo de niña y una 3ª niña desaparece. Ahora los agentes deben encontrar al asesino a contrarreloj antes de que ataque de nuevo este Halloween.

El equipo sospecha de sus propios colegas después de que se encuentren los restos quemados de una residente del Jefferson en el incinerador del edificio. Al principio se cree que pudo haber sido asesinada por algo relacionado con el caso en el que estaba trabajando, el caso de El Hijo de la Viuda, pero las cosas se complican cuando sale a la luz que tenía un lío con otro empleado del Jefferson. Mientras tanto, Booth se presenta como el novio de Cam en una de sus reuniones familiares.

Una cápsula del tiempo enterrada por una clase de Instituto de 1987 es encontrada por un grupo de exalumnos del instituto. Para su sorpresa encuentran dentro el cuerpo de uno de sus compañeros. Booth y Brennan descubren que la víctima era el paria de la clase, a partir de eso empiezan a investigar el pasado de sus compañeros para descubrir al asesino

El cuerpo de un arzobispo es encontrado por unos obreros. Las rótulas del arzobispo fueron extirpadas quirúrgicamente, lo cual les hace al equipo de Bones relacionar el caso con el de El Hijo de la Viuda.

Booth y Brennan investigan la muerte de Kris Kringle, que trabajaba como Santa Claus en un supermercado y cuyo cuerpo fue hallado por dos elfos. Al recopilar pistas, Booth sospecha del casero de Kris, con el que había tenido problemas por la patente de un juguete.

Booth y Brennan investigan el cuerpo de un hombre que aparece cubierto de barro. Descubren que se trata de Tripp Goddard, el atractivo piloto de motos que fue asesinado después de una carrera hace un par de semanas. Mientras la doctora forense y el agente del FBI llevan a cabo el estudio de la escena del crimen, la novia del joven se presenta en el lugar de los hechos

Aparece un cadáver con múltiples fracturas. A Zack le resulta durísimo y le impresiona profundamente tener que reconstruir el esqueleto totalmente fracturado del muchacho. Además, Hodgins y Ángela mantendrán una larga e importante conversación.

Una mujer es expulsada de la carretera en la que circulaba por un conductor que se da a la fuga. La mujer muere en el impacto pero su bebé, que viajaba con ella, sobrevive milagrosamente. Booth y Bones viajan al pueblo de la víctima y la doctora, con la ayuda del agente del FBI, cuida del bebé mientras su equipo estudia las pistas en busca del asesino

El padre de Brennan por fin tiene que enfrentarse al juicio por el asesinato de Kirby, el ayudante del director del FBI. Todos los miembros del equipo excepto la doctora Huesos son llamados a al estrado como testigos. Brennan, sin embargo, es la forense que colabora con la defensa, situación en la que debe lidiar tanto con su profesionalidad como con sus emociones.

Un aspirante a cantante llamado Tommy Sour es encontrado muerto. El último lugar donde se le vio con vida fue en el restaurante en el que solía cantar y en el que tuvo una pelea con un compañero. La investigación lleva al equipo Bones hasta Pam, la clienta del gimnasio en el que Tommy era monitor, y que estaba obsesionada con la víctima. Al enterarse de la muerte de Tommy, la chica pone los ojos en Booth.

Brennan recibe en el laboratorio una mandíbula que por sus características le lleva a relacionar el suceso con Gormogon, el caníbal que construye un esqueleto con restos de diferentes personas. La incertidumbre se apodera de los miembros del laboratorio cuando Zac sufre un accidente que destapa una terrible sospecha: alguien del equipo de Brennan está colaborando con el caníbal.