Temporada 9

El equipo del Jeffersonian investiga el asesinato de Jason Siedel, un contable del Departamento de Estado, cuyos restos fueron encontrados en la cabina de aire acondicionado de un hotel. Stand, por su parte, busca a Aldo Clemens, amigo y ex-sacerdote, para obtener asesoramiento sobre su relación con Brennan, ahora que Pelant ha creado una brecha entre ellos. Mientras tanto, Brennan debe decidir si quiere a Stand o pone fin a su relación con él.

Booth, Brennan y el equipo de forenses investigan el asesinato de Adam Pak, un consultor de dirección cuyo cuerpo se ha encontrado devorado por linces. Cuando las pruebas apuntan a una consultoría matrimonial, Brennan y Booth deciden ir de paisano por allí. Por eso, se harán pasar por Roxie y Tony, una pareja con problemas, para poder recabar más evidencias. Allí conocerán a Bill y Evelyn, un matrimonio que parece ser demasiado perfecto. Mientras tanto, a Cam la arrestan por error y Sweets toma una decisión: dejar el FBI por un tiempo.

El equipo del Jeffersonian investiga el asesinato de Jamie Delcampo, uno de los miembros de la pandilla Estrellas Locas. Sus restos se han encontrado en un coche quemado. Mientras tanto, Sweets, que se ha tomado un tiempo sabático del FBI tras el ataque de Pelant, decide ayudar a los forenses cuando se entera que un adolescente del centro en el que hace voluntariado es el hijo de uno de los pandilleros.

Pelant ha vuelto, y los miembros del Jeffersonian quieren poner fin al dominio que ha tenido sobre ellos, de una vez por todas.

El equipo del Jeffersonian investiga la muerte de Charlie McCord, el director de un instituto que, tras enterarse que padece un cáncer terminal, crea una página web donde la gente puede ver vídeos inspiradores. Allí encontrarán un vídeo en el que la víctima golpea a un antiguo campeón de peso ligero. Además, el doctor Sweets ve amenazado su puesto de trabajo por culpa de un programa informático de perfiles virtuales, mientras que Brennan y Booth empiezan a planear su boda.

El equipo del Jeffersonian investiga el asesinato de Nancy Handelman, cuyo cuerpo fue descubierto en el momento del ensayo de boda de Brennan y Booth.Y por fin, después de más de ocho temporadas resolviendo asesinatos, jugándose el tipo y atrapando a los más peligrosos criminales juntos, y Brennan dan el paso y se unen “hasta que la muerte los separe”. A la boda asistirán antiguos compañeros del Jeffersonian, así como la médium Avalon Harmonia (Cindy Lauper), que interpretará un tema en honor de los novios.

De luna de miel en Buenos Aires, Brennan y Booth no se pueden sólo relajar. Así que deciden ayudar a Raphael Valenza, un detective local y gran fan de los libros de Brennan, a resolver el asesinato de un criminal de guerra Nazi.

El equipo del Jeffersonian investiga el asesinato de Sean Nolan, un modelo fallecido cuyo cuerpo es encontrado en un dique de castores.

Brennan es jurado en el caso de un jugador de fútbol profesional, Peter Kidman, a quién se le acusa de asesinar a su mujer.

El equipo del Jeffersonian investiga la muerte de un científico alimentario cuyos restos fueron arrojados a una picadora de carne y mezclados en latas de guiso servidas en la cafetería de un colegio.

El equipo del Jeffersonian investiga el asesinato de un gimnasta nacionalmente reconocido, cuyos restos fueron alcanzados por un rayo y esparcidos por todo el parque.

El equipo del Jeffersonian investiga la muerte de Lana Brewster, una chica cuyos restos son entregados en la casa de Brennan y Booth por alguien que cree que su muerte hace 18 años no fue un accidente.

El equipo del Jeffersonian investiga la muerte de Colin Haynes, un cantante de música country cuyos restos fueron encontrados en una tumba poco profunda. Cuando el equipo investiga la carrera musical de la víctima, descubren que su sello discográfico lo engañaba. Por otro lado, el interno Wendall Bray se rompe el brazo durante un partido de hockey y cuando Brenan le echa un vistazo a su lesión descubre una noticia impactante.

El equipo del Jeffersonian descubre el cuerpo de un famoso pero desagradable maestro de ajedrez. Sweets sorprende al equipo con sus grandes habilidades para jugar al ajedrez, y se infiltra en el mundillo para encontrar al asesino. Cam recibe un galardón por su trayectoria científica, pero teme la reacción de Brennan, que considera que debería estar entre los premiados. Un viejo 'amigo' de la forense, el molesto doctor canadiense Douglas Filmore, especializado en huesos de los pies, vuelve a aparecer en escena.

El equipo del Jeffersonian investiga el asesinato de Lauren Frank, una víctima de secuestro cuyos restos fueron hallados enterrados en un parque. Cuando Brennan descubre la infeliz relación que Lauren mantenía con su madrastra, el equipo empieza a pensar que el asesino fue alguien más cercano a la víctima de lo que se suponía en un principio. Mientras, Hodgins descubre un secreto sobre su familia y Brennan y Booth se enfrentan a un dilema muy común en las parejas, que tiene que ver con el dinero.

Booth y un agente de la CIA deben trabajar en conjunto para atrapar a un terrorista. Mientras tanto, Brennan quiere acercarse a Booth en el campo laboral, pero tendrá que enfrentarse a las implicaciones que esto conlleva a nivel familiar.

Durante la búsqueda de un asesino, el equipo de Jeffersonian encuentra pistas claves al ahondar en la vida pasada de la víctima. Por otro lado, un antropólogo forense cubano se incorpora al equipo para realizar prácticas y así poder completar su título académico.

El equipo del Jeffersonian tendrá que trabajar tras las cámaras de televisión cuando aparece el cadáver de un joven actor de comedia. Una vez en el plató deberán averiguar quién asesinó al personaje favorito del público. Todo cambia cuando descubren que el actor era famoso por su promiscuidad, además de otros aspectos desagradables sobre su personalidad. Mientras, Booth y Brennan planean el primer cumpleaños de Christine, y Clark pide la opinión del equipo sobre una novela que ha escrito.

Cuando Todd, un coleccionista de arte adinerado, se encuentra en su propio funeral, el equipo del Jeffersonian debe descubrir a quién pertenecen los restos cremados del funeral.

El equipo del Jeffersonian investiga la muerte de un expulsado de una escuela de arte y que lucha contra el lupus, cuyos restos fueron encontrados en un tronco en el bosque.

El equipo del Jeffersonian investiga el asesinato de una mujer cuyos restos fueron encontrados en un pantano.

El equipo del Jeffersonian, el Dr. Clark Edison (la estrella invitada Eugene Byrd), Cam (Tamara Taylor), Brennan (Emily Deschanel) y Booth (David Boreanaz) investigan la muerte de la hija de una familia adinerada cuyos restos fueron encontrados en un parque nacional.

El equipo del Jeffersonian investiga la muerte de Brian Thomas, el entrenador de natación de cabeza en un colegio comunitario, cuyos restos fueron encontrados tirados en el fondo de un pozo.

El equipo investiga la muerte de un hombre que había ofrecido a Booth información de un posible encubrimiento del gobierno en un caso anterior, pero fue asesinado antes de que la reunión se llevara a cabo.